Estudió la Licenciatura en Relaciones Internacionales en la Universidad Nacional Autónoma de México, una maestría en Estudios Europeos en la London School of Economics and Political Science y una maestría en Cooperación Internacional y Desarrollo en la Universidad de la Sorbona en París.
Desde hace más de 20 años ha dedicado su vida profesional a las relaciones internacionales de las ciudades y gobiernos locales. De 2009 a 2016 fue asesor internacional del Jefe de Gobierno de la Ciudad de México. En paralelo a esa función se desempeñó como Secretario Regional para América del Norte de la organización mundial de grandes Metrópolis, y como Director Regional para América Latina del Fondo Mundial para el Desarrollo de las Ciudades. De 2012 a 2016 fue coordinador de la Alianza Euro-Latinoamericana de Cooperación entre Ciudades, proyecto AL-LAs, financiado por la Unión Europea.
Es autor de gran número de artículos y libros especializados en cooperación internacional entre los que destaca el “Manual para la Internacionalización de la Ciudad”, publicado en castellano, francés e inglés y adaptado al portugués. En agosto 2013, es seleccionado como uno de los treinta “Líderes para el Futuro de América Latina”, por la CAF, Banca de Desarrollo de América Latina. En 2015 es condecorado como Caballero de la Orden Nacional del Mérito de la República Francesa y desde 2019 es miembro del Consejo Editorial de America’s Quarterly, la revista del Council of the Americas/Americas Society. De 2016 a 2023 Eugene Zapata Garesché fue Director Global de Alianzas Estratégicas y Jefe de la Oficina para América Latina y el Caribe de la Red Global de Ciudades Resilientes, de la Fundación Rockefeller. Desde enero de 2023 trabaja para la Agencia de Cooperación de Alemania (GIZ) como jefe del equipo de expertos del Instrumento TALD (Territorial Approach to Local Development) en la unidad G2 (Autoridades Locales, Organizaciones de la Sociedad Civil y Fundaciones) de la Dirección General de Alianzas Internacionales (DG INTPA) de la Comisión Europea. En 2022 se une a la Mesa Directiva de Tinker Foundation.